El general Pedro Santana acababa de regresar, con sus lauros fatuos de triunfador, de la región Sur del país, donde había permanecido, durante cuatro meses, cerrándole el camino a las tropas invasoras del general haitiano Charles Hérard. Ambos generales se habían enfrentado en la histórica batalla del 19 de marzo de 1844 en Azua, considerada el bautismo de fuego de la recién proclamada independencia dominicana.

En los primeros días de junio, Juan Pablo Duarte y los oficiales de la Fortaleza Ozama de Santo Domingo habían destituido, mediante un golpe militar, a la Junta Central Gubernativa que presidía Tomás Bobadilla y los demás personajes que negociaban con Francia la idea del protectorado, la cual era combatida por los trinitarios que la consideraban contraria al concepto de la independencia absoluta.

Santana volvió a la capital el 12 de julio y al día siguiente encabezó un contragolpe militar, destituyendo a Francisco del Rosario Sánchez, quien había sido escogido nuevo Presidente de la Junta de gobierno. Sánchez a su vez, había nombrado el 18 de junio a Duarte como Delegado del Gobierno en el Cibao, de manera que cuando se produjo la entrada de Santana a Santo Domingo, el patricio se encontraba en la región Norte del país cumpliendo con sus nuevas funciones públicas.

Duarte visitó La Vega, Santiago y Puerto Plata, donde era aclamado para Presidente de la República. Debido a la precariedad de las comunicaciones internas, Duarte ignoraba la ocurrencia del contragolpe que llevó al caudillo montaraz, por primera vez, al poder político, de donde dispuso la persecución, apresamiento y destierro de todos los trinitarios.

El día 8 de julio salió Duarte de Santiago con rumbo a Puerto Plata. Cuando llegó, acompañado de sus más cercanos colaboradores, a aquella villa hermosísima, tendida al pie de una montaña eternamente cubierta de nubes plateadas, pudo observar las mismas manifestaciones de entusiasmo popular que ya había presenciado en todo su trayecto por la fértil región cibaeña.

Todos los habitantes de la ciudad atlántica colocaron banderas en sus hogares y aclamaron con fervor a su paso por las calles al joven que ya exhibía con orgullo el rango de General de Brigada. Los notables de la ciudad se reunieron pocas horas después en la sala del cabildo y rogaron al apóstol, en nombre de sus conciudadanos y de los ejércitos del Norte, que aceptara la presidencia que se le había ofrecido en "la ciudad corazón".

Pero Duarte no andaba en campaña proselitista; su misión por el Cibao era apagar la tea de la discordia, que ya amenazaba al país con el fantasma de la primera guerra civil, si se toma en cuenta que en el Norte había surgido un polo de poder opuesto a las ansias despóticas del caudillo seibano.

La repuesta del patricio a las personalidades que lo habían sugerido para Presidente de la República en ciernes fueron la de un líder visionario, que en vez de lauros pasajeros, le preocupa más el destino de su patria ante la posibilidad de la confrontación regionalista que se agitaba en aquellos días: "Sed felices, hijos de Puerto Plata, y mi corazón estará satisfecho, aún exonerado del mando que queréis que obtenga; pero sed justo lo primero, si queréis ser felices, pues ese es el primer deber del hombre; y sed unidos, y así apagaréis la tea de la discordia, y venceréis a nuestros enemigos, y la patria será libre y salva, y vuestros votos serán cumplidos y yo obtendré la mayor recompensa, la única a que aspiro, al veros libres, felices, independientes y tranquilos".

Los pronunciamientos en el Cibao a favor de Duarte habían despertado los celos y la saña del general Santana, quien de inmediato ordenó el apresamiento de todos los jóvenes trinitarios. Ramón Matías Mella, considerado el principal promotor de la corriente de opinión que buscaba premiar el sacrificio del patricio, fue apresado y humillado cuando entró a Santo Domingo con la misión de buscar un entendimiento con el déspota que ya había destituido también a Sánchez de la presidencia de la Junta Gubernativa. Duarte se encontraba en Puerto Plata, cuando sus compañeros eran apresados uno a uno en Santo Domingo. Al enterarse de lo ocurrido en la capital, Duarte decidió esconderse en los campos de Puerto Plata, pero tan pronto fue ubicado en Jamao, en la finca de Pedro Eduardo Dubocq, fue hecho preso el 27 de agosto por un pelotón militar al mando del general Pedro Ramón de Mena, encargado de la Fortaleza San Felipe, donde se pasó ocho días en prisión.

Durante su cautiverio en la celda Sur de la vieja fortaleza, Duarte recibía la visita de sus amigos, entre ellos, el cura Manuel González Regalado, quien era masón y fundador de la Logia de Puerto Plata. El cura fue inicialmente ultrajado por las autoridades carcelarias, pero pudo finalmente "llevar consuelos espirituales a un detenido prominente".

Duarte permanecía en prisión cuando se le presentó también en la fortaleza el joven trinitario Juan Isidro Pérez, quien le contó que iba desterrado, con destino a Saint Thomas, en un barco de guerra francés, que días antes, había zarpado del puerto de Santo Domingo, pero que, al pasar frente a la costa de Puerto Plata amenazó con lanzarse al mar si no lo llevaban al puerto, propósito que pudo lograr y tan pronto pisó tierra se dirigió a la Fortaleza San Felipe, donde se reencontró con su líder, manifestándole su firme decisión "de permanecer a su lado ante la posibilidad de cualquier desenlace fatal".

La orden que tenían los carceleros de Duarte y sus compañeros era enviarlos en una goleta a Santo Domingo, donde serían encerrados en la Fortaleza Ozama. Duarte y sus compañeros, Juan Evangelista Jiménez, Gregorio del Valle y Juan Isidro Pérez, llegaron por mar a la capital la madrugada del 2 de septiembre; permanecieron en su nueva prisión ocho días, hasta que el 10 de septiembre de 1844 recibieron la noticia de que serían deportado para siempre de la patria que tanto amaban.

Los momentos de angustias vividos por el patricio durante su persecución, encarcelamiento y posterior destierro los dejó impresos en su primer poema conocido, que él intituló Romance, donde dice que:  "Ocho los míseros eran/que mano aviesa lanzaba/en pos de sus compañeros/ hacia la extranjera playa...Ellos, que al pueblo le dieron/la independencia anhelada/lanzados fueron al suelo/por cuya dicha lucharan/proscritos, sí, por traidores/los que de lealtad sobraban/se les miró descender/se les oyó despedirse/ y de su voz apagada/yo recogí los acentos/que por el aire vagaban.