Un nuevo conflicto se produjo en el Congreso con la aprobación de las leyes orgánicas del Consejo Nacional de la Magistratura y del Tribunal Constitucional, ambas aprobadas en la Cámara de Diputados con mayoría simple, cuando su aprobación requerían dos tercios de los diputados presentes.

Faltaban otras leyes complementarias por aprobar, pero los votos del PLD en esa cámara no alcanzaban las dos terceras partes. El impasse se resolvió el 30 de mayo de 2011, cuando el Presidente Fernández y Miguel Vargas Maldonado, ahora en su calidad de Presidente del PRD, volvieron a firmar un segundo pacto denominado Acuerdo Institucional para la Aprobación y Desarrollo de las Leyes Complementarias de la Constitución. 

Tan pronto fueron aprobadas las nuevas leyes, con el consenso de todos los partidos políticos representados en el Congreso, el Presidente Fernández convocó en agosto de 2011 al Consejo Nacional de la Magistratura. Sus integrantes eran 8 miembros y en caso de empate, el mandatario tenía un poder especial para desempatar cualquier decisión, aunque la previsión era innecesaria porque Fernández contaba con 5 miembros a su favor.

Ese órgano constitucional lo integran el Presidente la República, el Presidente del Senado, un senador perteneciente al partido de la oposición que ostente la representación de la segunda mayoría, el Presidente de la Cámara de Diputados, un diputado del partido de la oposición que ostente la representación de la segunda mayoría, el Presidente de la Suprema Corte de  Justicia, más un magistrado escogido por ella misma y el Procurador General de la República.

De los 8 integrantes del CNM, el oficialismo tendría 5 miembros, a saber: el Presidente de la República, el Presidente del Senado, el senador por la provincia Sánchez Ramírez, Félix Vásquez, elegido en la boleta del PLD, quien pasó a ser "el representante de la segunda mayoría" del Senado; el Presidente de la Cámara de Diputados y el Procurador General de la República, nombrado por el Poder Ejecutivo. En cambio, el PRD sólo tenía un representante  por los diputados y los dos restantes serían el Presidente de la Suprema Corte de Justicia y otro magistrado escogido por el pleno de tan alto organismo judicial. Si el PRD hubiese ganado por lo menos un senador en las elecciones de 2010, o si el Senado de la República hubiese designado a Amable Aristy Castro en lugar del senador Félix Vásquez, probablemente se hubiese presentado un empate en el pleno del CNM. 

Ese escenario resultaría nada agradable para el Presidente Fernández a la hora de designar a los nuevos jueces de las tres nuevas cortes. Obedeciendo a ese cálculo, había que impedir, a cualquier precio que el PRD ganara un solo senador en las elecciones de 2010, para que, en vez de 4, fueran 3 los integrantes del CNM no manipulados por el Presidente Fernández. 

Con 5 miembros a su favor en el CNM, Fernández nombraría a jueces complacientes con el nuevo sistema de dominación, corrupción e impunidad implantado desde 2004.

Antes de elegir a los jueces de las tres nuevas cortes, había que guardar las apariencias. Se hicieron llamados públicos a los abogados interesados en ser evaluados para jueces de una de las cortes a que depositaron sus currículos.

Cientos de abogados ingenuos atendieron el llamado. Después vinieron las evaluaciones y las objeciones públicas a los aspirantes, pero todo se redujo a un triste espectáculo, porque, finalmente el Presidente Fernández se quedó con el control de la Suprema Corte de Justicia, el Tribunal Constitucional y el Tribunal Superior Electoral. En la SCJ fueron designados 17 jueces, en el TC, 13 y en el TSE, 5.

Las evaluaciones posteriores hechas a la "hoja de servicio" de cada uno de los magistrados designados en las nuevas cortes, revelaron que una amplia mayoría está vinculada políticamente con el ex Presidente y Miguel Vargas Maldonado. El PLD obtuvo el 77 por ciento de los integrantes del Tribunal Constitucional, el 64 por ciento del Tribunal Superior Electoral e igual porcentaje en la Junta Central Electoral. Además, el PLD obtuvo el control casi absoluto del Senado de la República y conquistó una holgada mayoría en la Cámara de Diputados y en la Cámara de Cuentas.

Todos los resortes del poder quedaron así bajo el control del ex Presidente Fernández y su partido. Sólo quedó pendiente la designación del Defensor del Pueblo.

El dominio casi absoluto de todas las instituciones públicas por parte del partido gobernante dio origen a un interesante debate en los medios de comunicación, en el sentido de si en la sociedad dominicana existía ya una "dictadura moderna", una "dictadura constitucional" o una "dictadura de partido único".